盡管說跨境電子商務為我們 的傳統外貿企業電商帶來了廣大的商機，但是在這個同時，傳統外貿企業電商也面臨著廣大的挑戰。

第一個挑戰為傳統外貿企業電商的信息化水平對比低，由于電子商務的實行，一定是要以信息化為基本的。與發達的西方 相對比來說，我國企業的信息化起步是對比晚一些的，而且信息化基本也很軟弱。許多中小型的傳統外貿企業由于缺少資金，人才缺點，信息化的程度依然很低，具體可以從網站表示功能較單子，管理方面也不是很到位，營銷推廣方面的后果也不顯著。很多傳統外貿企業的網站都還停留在提供信息和供人們查詢的初始階段。極少的企業網站能夠實現在線洽談，簽署購貨合同等等功能，更別說順利完成全部對外貿易的過程了。

第二個挑戰表示在信息網絡安全部系也有缺點。由于電子商務的運營涉及了很多方面的安全問題，比如資金的安全、信息的安全、貨物的安全、商業的秘密等等，尤其是有關于網上支付結算的信息安全性以及可靠性必將一直會是電子商務更核心的研討范疇。因為電子商務必需得依附著互聯網而去運營，所以說作為開展電子商務這一網絡，電子商務運營網絡的基本必需安全可靠，甚至網絡傳輸的誤碼以及網絡銜接的故障幾率都必需盡可能的低以于幾乎沒有。但是目前我們 的一些電子商務網絡在安全方面這一系統上并沒有設防太多，非常容易就會受到盤算機病毒和一些網絡上面黑客的攻擊，這就為電子商務的發展帶來了很大的安全隱患。

除此之外，傳統外貿企業電商還面臨著交易安全這一挑戰，在跨境電子商務活動中，各種合約以及價錢等信息，大多都事關商業秘密，而網絡病毒和黑客的攻擊會導致商務欺騙以及捏造單據等惡劣行動。這也導致了很多傳統外貿企業電商公司不敢網上簽約和交易結算，嚴重影響了跨境電子商務的發展。

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