時至今日，跨境電商實行零售進口綜合稅和出口“無票免稅”“核定征收”制度，市場采購實行出口簡化通關和“免征不退”制度。我國已初步樹立跨境電商稅收制度系統，重要有進、出口兩個方面。

進口稅收制度。實行專門的跨境電商零售進口綜合稅，由海關征管。綜合稅性質上不同于物品稅，在稅率上又低于貨物稅，其癥結詞為“貨物、清單、限值、打折、匯總”。具體稅制是：（1）依照貨物征稅。稅種聚集關稅和進口環節增值稅、花費稅，以實際交易價錢作為完稅價錢，花費者作為納稅人，電商企業、平臺企業或物流企業作為代收代繳人。綜合稅和貨物稅、物品稅不一樣，沒有 50 元起征點的設置。（2）實施正面清單管理。實用于進口商品清單規模內，并且能夠實現交易、支付、物流電子信息“三單”比較的零售進口商品。（3）實施限值管理。花費者單次交易限值為人民幣 5000 元，個人年度交易限值為人民幣 26,000 元。（4）實施稅率七折。在限值以內的零售進口商品，關稅稅率設為 0%，進口環節增值稅、花費稅按法定應納稅額的 70% 征收。（5）程序上“化零為整、擔保匯總”。花費者在網絡體系下單購物時支付的價款內已包括稅額，納稅程序由代收代繳人辦理。代收代繳人供給稅款總擔保，聯合申報清單向海關申報應稅信息，商品即時放行。代收代繳人其后向海關匯總辦理納稅手續。

2. 出口稅收制度。在流轉稅方面，實行“無票免稅”的創新制度，由稅務部門管理。對于跨境電商綜合實驗區內的出口電商企業，其未取得有效進貨憑證的出口貨物，免征增值稅、花費稅。當然，后續的出口退稅也自然免除。前提條件是電商企業在實驗區注冊并辦理出口海關申報手續，海關向稅務部門傳輸申報清單信息。這一規定解決了電商企業出口難問題。在所得稅方面，實行“核對征收”的優惠制度，由稅務部門管理。對于跨境電商綜合實驗區內“無票免稅”的出口電商企業，試行核定征收企業所得稅：在精確核算企業收入總額基本上，采取4% 的應稅所得率核定企業應稅所得，再按實際稅率征收。一般企業所得稅率為 25%，在此情形下實際稅負僅為 1%。其他免稅收入、特別企業的優惠仍有效，綜合稅收優惠十分顯著。

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