軟件專利則不同，其一，專利必須向專利局提出申請才能獲得。其二，軟件專利申請描述的是軟件的構思。

軟件專利則不同，還體現在其以技術方案的形式申請的，就是軟件流程圖的內容。授權后，保護的是軟件的構思，他人采用該構思，就可能構成侵權。因此軟件專利的保護力度比軟件著作權要大的多，能保護軟件最核心的東西。

另外，二者所采用的法律依據也不一樣。軟件的著作權保護依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》，軟件的專利權保護依據是《專利法》。

軟件著作權與專利權不同，還體現在它僅保護軟件源代碼的表現形式而不保護軟件的編程思想。也就是說，軟件著作權不具備像專利權那樣的"排他性"，軟件著作權人并不能排除他人就自己開發的相同軟件再次享有權利的可能性。

《軟件著作權登記證書》是在軟件著作權發生爭議時證明軟件權利的最有力的證據。這不僅是在進行訴訟或在發生一般糾紛時，都能起到很好的證明作用。但如果沒有進行登記，著作權人的權利就很難獲得全面的保護，是軟件著作權人進行投資和交易的重要資本和財富。

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